XBB.1.5, BA.2.86, JN.1 : Comment comprendre la soupe d'alphabet de Covid-19 ?

Omicron et Delta sont des noms de coronavirus que les gens ont rapidement appris et utilisés au plus fort de la pandémie. Mais à l'heure actuelle, la plupart des non-scientifiques ne pourraient probablement pas nommer la version du virus qui est sur le point de devenir la prochaine version dominante dans le monde. (Il s'agit du JN.1, soit dit en passant).

Bien que le rhume ne porte pas autant de noms - du moins pas ceux qui font les gros titres - la spécificité avec laquelle les scientifiques parlent du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le Covid-19, est importante parce qu'il constitue toujours un tel problème.

Les scientifiques ont besoin d'un langage commun pour parler d'une version spécifique qu'ils observent dans une communauté particulière ou avec laquelle ils travaillent pour développer des traitements, des vaccins et des tests.

Il serait probablement plus facile de se souvenir de "Bob le virus" ou de "Susan la variante" que de BA.2.86, l'ancêtre de JN.1. Mais les personnes qui décident comment nommer les maladies infectieuses et les virus voulaient s'éloigner d'une vieille tradition consistant à nommer un virus en fonction de l'animal sur lequel il a été séquencé pour la première fois, comme c'est le cas pour le virus anciennement connu sous le nom de monkeypox, ou en fonction du lieu où il a été découvert, comme c'est le cas pour la fièvre hémorragique appelée virus de Marburg, nommée d'après la ville ouest-allemande de Marburg an der Lahn.

En 2015, l'Organisation mondiale de la santé a décidé que le fait de nommer une nouvelle maladie infectieuse humaine en fonction d'une personne, d'un lieu ou d'une chose pouvait être stigmatisant et avoir des conséquences négatives inattendues. Par exemple, lorsque le virus H1N1 qui infectait les porcs, les oiseaux et les humains a été appelé "grippe porcine" pendant la saison grippale 2009-2010, les ventes de porc aux États-Unis ont diminué et des centaines de milliers de porcs ont été tués inutilement dans des pays comme l'Égypte, alors que le virus ne se propageait pas par la consommation de viande de porc.

Le virus responsable du Covid-19 a d'abord été appelé coronavirus de Wuhan, car la maladie a été identifiée pour la première fois à Wuhan, en Chine, en février 2020. Le Comité international de taxonomie des virus l'a appelé SARS-CoV-2, abréviation de "coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère". L'équipe a choisi ce nom car, bien que le nouveau virus soit différent, il est génétiquement apparenté au coronavirus à l'origine de l'épidémie de SRAS de 2003.

L'OMS voulait l'appeler "le virus responsable de Covid-19" parce qu'elle avait déclaré à l'époque que l'utilisation du nom SRAS "pouvait avoir des conséquences inattendues" et susciter "une peur inutile chez certaines populations, en particulier en Asie qui a été la plus touchée par la flambée de SRAS en 2003". L'OMS a nommé la maladie causée par le virus Covid-19, abréviation de "maladie à coronavirus de 2019", l'année où elle a été détectée pour la première fois.

Mais comme les scientifiques doivent parler avec précision de la descendance du virus et que les virus évoluent rapidement, du moins à l'échelle humaine, il peut y avoir beaucoup d'autres noms.

En mars 2020, les scientifiques qui séquençaient le génome du virus pour comprendre son évolution appelaient les mêmes variations par des noms différents selon les laboratoires. Les chercheurs ont décidé de trouver un moyen pour que tout le monde utilise les mêmes noms. Ils ont donc mis au point un système de dénomination appelé Pango ou Pangolin, qui signifie "assignation phylogénétique de la lignée mondiale nommée de l'épidémie".

"Le système Pangolin a été mis au point en 2020, lorsqu'il est devenu évident que le Covid allait devenir un problème mondial", explique Kurt Williamson, professeur agrégé au département de biologie du College of William & Mary.

Si les virus évoluent si rapidement, c'est en partie parce que leur mode de reproduction fait appel à ce qu'on appelle l'ARN polymérase. Pour faire une copie d'une cellule, le corps humain utilise l'ADN polymérase, qui possède ce que Williamson appelle une très bonne fonction de relecture, capable de vérifier et de corriger les erreurs. L'ARN polymérase n'a pas cette capacité de relecture, elle commet donc des erreurs beaucoup plus fréquemment et génère des variations beaucoup plus importantes plus rapidement par rapport au temps humain.

L'autre façon dont les virus changent concerne les lignées, un groupe de virus étroitement apparentés ayant un ancêtre commun. Lorsque deux lignées infectent une cellule en même temps, l'ARN polymérase peut effectuer ce que l'on appelle un "changement de modèle" pendant qu'elle copie un génome viral pour créer un nouveau virus.

"Elle peut basculer entre l'utilisation d'un virus pour faire une copie et le passage au génome de l'autre version du virus pour finir de faire une copie, ce qui est vraiment bizarre, mais cela conduit à ce que l'on appelle la recombinaison", a déclaré M. Williamson. "En fait, on a pris les caractéristiques de deux virus différents et on les a combinées en une progéniture qui peut, lorsqu'elle copie son génome, faire des copies avec cette nouvelle combinaison. Cela pose des problèmes de suivi des différentes versions".

Au début de la pandémie, il n'y avait que deux lignées principales de SARS-CoV-2 : A et B. Lorsque ces lignées ont muté, Pango a nommé chaque sous-lignée, un terme utilisé pour définir une lignée en tant que descendante directe d'une lignée parentale. B.1.1.7, par exemple, est la septième variante de la sous-variante B.1.1, qui était la première sous-variante de B.1.

C et D sont ensuite apparus, et ainsi de suite, car le virus continue à créer de nouvelles variantes par le biais de mutations de dérive, d'une erreur lors de la copie, et de la recombinaison par changement de modèle.

"Pour que les scientifiques puissent communiquer entre eux, nous utilisons cette façon de parler qui n'a rien de sexy, mais qui est précise. Quelle variante de quelle lignée ? S'agit-il d'une lignée A ? De la lignée B ? De la lignée C ? Et ainsi de suite. Et lorsque vous avez le X, comme XBB.1.5, le X indique qu'il s'agit d'un recombinant", a déclaré M. Williamson.

"C'est compliqué", a-t-il ajouté. "Mais il fait son chemin dans la communication publique.

Ce genre de sens "Qui est le premier ? Qu'est-ce qui vient en second ?" peut avoir du sens pour les scientifiques qui ont besoin de connaître chaque changement, mais il est rapidement devenu trop compliqué pour le grand public, et certaines personnes ont donc commencé à utiliser des termes un peu plus familiers, comme la "variante Kent" pour B.1.1.7, qui a été nommée d'après l'endroit où elle a été séquencée.

En mai 2021, l'OMS a proposé un système de lettres grecques plus simple pour nommer certaines des variantes, afin d'éviter la stigmatisation liée à l'attribution d'un nom à un virus mortel en fonction d'un lieu et d'éviter l'écueil de la lourdeur. Elle n'a pas remplacé le système Pango ou tout autre système de dénomination scientifique nécessaire à des communications plus spécifiques entre scientifiques, mais elle n'a utilisé ces nouvelles désignations que pour les variantes sensiblement différentes de l'original et représentant un autre type de menace pour la santé publique - ce que l'agence a appelé les variantes d'intérêt ou les variantes préoccupantes. La "variante Kent", ou B.1.1.7, a été rebaptisée Alpha. La variante B.1.617.2, identifiée pour la première fois en Inde, est devenue Delta, et ainsi de suite.

L'OMS devait faire la distinction entre la souche Delta et la souche Omicron parce que les différences entre les deux souches étaient si importantes qu'elles affectaient le comportement du virus et que notre système immunitaire reconnaissait à peine la nouvelle version du virus, ce qui entraînait de nouvelles vagues d'infections, d'hospitalisations et de décès.

À l'époque, il existait également une deuxième souche Omicron, BA.2, qui présentait des dizaines de nouvelles mutations génétiques et qui, selon certains, méritait sa propre lettre grecque. Mais cela ne s'est jamais produit. Au lieu de cela, l'OMS a créé une nouvelle catégorie de sous-variantes Omicron sous surveillance afin que les responsables de la santé publique sachent quelles sont les retombées à surveiller.

Les scientifiques utilisent également d'autres systèmes de classification pour décrire les similitudes et les différences entre les virus qu'ils étudient.

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Il y a aussi Nextclade, un outil utilisé pour classer les séquences de virus en fonction de leur parenté génétique. Chaque version du virus n'obtient pas son propre clade, mais les membres d'un clade partagent des caractéristiques similaires en raison d'un ancêtre commun. Ce système utilise une année à deux chiffres suivie d'une lettre donnée dans l'ordre d'attribution de cette année, de sorte que 22A est le premier clade en 2022, par exemple.

"Même si nous avons un système qui semble un peu compliqué pour le public, il permet aux scientifiques de savoir exactement de quoi l'autre personne parle lorsqu'ils utilisent ce système pour communiquer, et c'est important", a déclaré M. Williamson.

Mais il y a tellement de variations que la discussion se poursuit sur l'établissement de nouvelles règles pour simplifier la dénomination. Le système de dénomination pourrait également devoir être modifié simplement parce que les variantes sont si nombreuses qu'elles nécessiteront trop de lettres, ce qui rendrait les choses trop compliquées à mémoriser, même pour les scientifiques.

Même si le grand public ne devrait pas avoir à se préoccuper de ce niveau de spécificité pour le Covid, explique Williamson, il pourrait contribuer à faciliter les choses en réduisant la propagation du coronavirus et le nombre de nouvelles variantes.

Outre le vaccin Covid-19, "des gestes simples peuvent être posés, comme se laver les mains, se masquer en présence de personnes à haut risque ou, si l'on ne se sent pas bien, rester à la maison. Il s'agit là de gestes très simples que nous avons tous le pouvoir de faire", a-t-il déclaré.