La version XBB.1.5 d'Omicron pourrait être à l'origine d'une nouvelle vague de Covid-19 aux États-Unis

Il en a résulté une augmentation progressive du nombre de cas et d'hospitalisations, qui n'a jamais semblé atteindre les sommets de la vague BA.5 de cet été et qui n'a certainement rien eu à voir avec le tsunami de maladies provoqué par la souche originale Omicron il y a un an.

Mais vendredi, le tableau de bord des variantes Covid-19 des Centres américains de contrôle et de prévention des maladies a révélé un nouveau cheval noir qui pourrait bientôt balayer le terrain : XBB.1.5.

Les CDC estiment que XBB.1.5 a plus que doublé sa part du gâteau Covid-19 chaque semaine au cours des quatre dernières semaines, passant d'environ 4 % à 41 % des nouvelles infections au cours du mois de décembre. Dans le nord-est, le CDC estime que le XBB.1.5 est à l'origine de 75 % des nouveaux cas.

"Depuis quelques mois, nous n'avons pas vu de variante se propager à cette vitesse", a déclaré Pavitra Roychoudhury, directeur du séquençage Covid-19 au laboratoire de virologie de l'école de médecine de l'université de Washington.

Les virologues et les épidémiologistes affirment que cette sous-lignée Omicron présente des caractéristiques qui lui permettent de provoquer une nouvelle vague de cas de Covid-19 aux États-Unis, même si l'on ne sait pas encore quelle sera l'ampleur de cette vague et si elle risque d'envoyer beaucoup plus de personnes à l'hôpital.

Malgré toutes les inquiétudes récentes quant à une nouvelle menace de Covid-19 qui pourrait provenir de la vague actuelle en Chine, les experts soulignent que le XBB.1.5 semble être apparu aux États-Unis. Il a été détecté pour la première fois à New York et dans le Connecticut à la fin du mois d'octobre, selon GISAID, une initiative mondiale visant à cataloguer et à suivre les variantes du coronavirus.

Trevor Bedford, professeur de biologie informatique au Fred Hutchinson Cancer Center de Seattle, a déclaré que le XBB.1.5 avait un taux de croissance similaire à celui de son lointain cousin BA.5.

Bedford a évalué son nombre de reproduction efficace - le nombre de nouvelles infections qui devraient être causées par chaque personne infectée - à environ 1,6, soit environ 40 % de plus que son concurrent le plus proche.

"Je m'attends à ce qu'il entraîne une augmentation de la circulation dans les semaines à venir", a écrit M. Bedford dans un courriel. Cette augmentation pourrait ne pas se refléter dans le nombre de cas, souligne-t-il, car de plus en plus de personnes font des tests à domicile, et leurs cas pourraient ne pas être comptabilisés à moins qu'elles ne consultent un médecin et obtiennent un test de laboratoire pour confirmer leurs résultats. "Je considérerais donc les hospitalisations dans les groupes d'âge vulnérables [tels que les personnes âgées] comme un meilleur indicateur de la vague", a-t-il écrit.

Des sous-variantes glissantes

XBB.1.5 est le produit d'une recombinaison : Deux descendants de BA.2, la sous-variante à l'origine d'une vague modeste de cas aux États-Unis en avril, ont échangé des éléments de leur code génétique, ce qui a entraîné 14 nouvelles mutations des protéines de la pointe du virus par rapport à BA.2, ainsi qu'une nouvelle sous-lignée, XBB.

Le XBB a entraîné une vague de cas à Singapour cet automne, mais n'a jamais gagné beaucoup de terrain aux États-Unis. Dans ce pays, il a dû faire face à une multitude de variantes circulant en parallèle, qui avaient chacune évolué indépendamment avec certaines des mêmes mutations, ce qui les rendait plus homogènes.

Néanmoins, les scientifiques ont surveillé de près le XBB et ses dérivés.

David Ho, professeur de microbiologie et d'immunologie à l'université de Columbia, a récemment testé dans son laboratoire des virus conçus pour présenter les pics de XBB et XBB.1 ainsi que BQ.1 et BQ 1.1 contre des anticorps prélevés dans le sang de personnes infectées, vaccinées avec le vaccin original et le nouveau vaccin bivalent, et qui avaient été à la fois infectées et vaccinées. Son équipe a également testé 23 traitements par anticorps monoclonaux contre ces nouvelles sous-lignées.

Il a constaté que le XBB.1 était le plus glissant de tous. Il avait 63 fois moins de chances d'être neutralisé par les anticorps présents dans le sang des personnes infectées et vaccinées que le BA.2 et 49 fois moins de chances d'être neutralisé que le BA.4 et le BA.5.

En termes d'évasion immunitaire, ces variantes sont aussi éloignées des anticorps que nous avons fabriqués pour les combattre que la variante originale Omicron l'était des virus Covid-19 qui l'ont précédée il y a environ un an.

Il qualifie ces niveaux d'évasion immunitaire d'"alarmants" et affirme qu'ils pourraient compromettre davantage l'efficacité des vaccins Covid-19. Ses conclusions ont été publiées récemment dans la revue Cell.

M. Ho a déclaré lundi que le XBB.1.5 présentait les mêmes caractéristiques que le XBB.1 en termes d'évasion des anticorps, ce qui signifie qu'il est capable d'échapper aux protections des vaccins et des infections antérieures. Il est également résistant à tous les traitements actuels à base d'anticorps, y compris Evusheld.

Un autre tour dans son sac

Outre le fait qu'il échappe fortement au système immunitaire, le XBB.1.5 a un autre atout dans sa manche qui semble contribuer à sa croissance. Il présente une mutation clé au site 486, qui lui permet de se lier plus étroitement à l'ACE2, la porte que le virus utilise pour pénétrer dans nos cellules.

"La mutation permet clairement au XBB.1.5 de mieux se propager", a écrit par courriel Jesse Bloom, virologue informaticien au Fred Hutchinson Cancer Center.

Bloom, qui étudie l'évolution des virus et des protéines virales, a d'abord signalé que cette mutation pourrait être importante pour la santé du virus. Elle a été confirmée par Yunlong Cao de l'université de Pékin.

"Il a une meilleure capacité à pénétrer dans les cellules", a déclaré M. Roychoudhury, ce qui signifie qu'il est plus infectieux.

Toutefois, les experts estiment qu'il est difficile de savoir dans quelle mesure la croissance du XBB.1.5 peut être attribuée aux propriétés du virus et dans quelle mesure elle est simplement due à un bon timing.

Au sortir des vacances, pendant lesquelles les gens étaient plus enclins à voyager et à socialiser, toute infection - qu'il s'agisse de la grippe, du Covid-19 ou du VRS - a plus de marge de manœuvre.

"La plupart des responsables de la santé publique se seraient attendus à une augmentation des cas de Covid-19, même avant que nous ne connaissions le XBB.1.5", a déclaré Andrew Pekosz, professeur à l'École de santé publique Johns Hopkins Bloomberg, qui étudie la réplication virale. "On ne sait donc pas encore si l'augmentation du nombre de cas de Covid pendant les vacances est due aux interactions sociales ou si elle est spécifiquement liée au XBB.1.5. Ces deux facteurs sont probablement en cause".

La plupart des experts ont déclaré qu'ils s'attendaient à ce que le virus XBB.1.5 provoque davantage de maladies, mais qu'ils ne s'attendaient pas à ce que ces infections soient nécessairement plus graves.

Michael Osterholm, qui dirige le Centre de recherche et de politique sur les maladies infectieuses de l'université du Minnesota, voit des raisons d'espérer dans le nord-est du pays, où l'on pense que le XBB.1.5 est à l'origine de la majorité des infections.

Osterholm note que les vaccins de rappel mis à jour devraient fournir une certaine protection, même contre cette souche qui échappe fortement au système immunitaire.

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"Ils fournissent toujours un niveau d'immunité qui ne vous empêchera peut-être pas d'être infecté, mais qui peut avoir un impact significatif sur le fait que vous deveniez ou non gravement malade et que vous mouriez ou non", a déclaré le Dr Gupta. "Les données les plus récentes dont nous disposons montrent que les personnes qui ont reçu le vaccin bivalent ont trois fois moins de risques de mourir que celles qui ne l'ont pas reçu.

Cependant, les Américains ont été lents à se faire vacciner. Selon les données du CDC, seuls 15 % des Américains éligibles ont reçu un rappel actualisé. Parmi les personnes âgées (65 ans et plus), seule une sur trois a été vaccinée.

Les experts notent également que même si les traitements à base d'anticorps ne fonctionnent pas contre cette sous-lignée, d'autres antiviraux, tels que le Paxlovid et le remdesivir, devraient encore être efficaces.

Les tests rapides continuent de fonctionner, tout comme les masques, la ventilation et la filtration de l'air intérieur. Ainsi, même si le virus continue d'évoluer, il existe encore de bons moyens de se protéger contre le Covid-19.

"Il ne semble pas provoquer de maladie plus grave, et je pense donc que la situation qui circule aujourd'hui est très différente de celle qui prévalait il y a un an", a déclaré M. Osterholm. "La population est tellement plus immunisée que je ne pense pas que le virus va se propager.

Des voyageurs marchent avec leurs bagages à l'aéroport international de Pékin, au milieu de l'épidémie de coronavirus (COVID-19) à Pékin, en Chine, le 27 décembre 2022. REUTERS/Tingshu Wang

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