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Nel 2021, Söder ha subito un passo falso nella lotta per il potere all'interno dell'Unione sulla posizione del candidato cancelliere, perdendo contro Armin Laschet della CDU. Söder ha affermato che una simile competizione non si ripeterà, dichiarando: "Le cose saranno indubbiamente diverse dal 2021". Credeva: "Era solo il candidato sbagliato allora". Purtroppo per Laschet, è stato sconfitto nelle elezioni federali da Olaf Scholz, l'attuale cancelliere dell'SPD.
Parlando ai sostenitori della CSU durante il festival popolare, Söder ha sottolineato l'unità sua e di Merz. "Non è questione di chi comanda, ma del risultato finale che conta". La CDU e la CSU non sono mai state più allineate di ora.
Söder ha espresso la sua ammirazione per l'attuale unità tra la CDU e la CSU, evidenziando la loro allineamento. Si prevede che nella futura discussione sulla leadership all'interno dell'Unione, la CDU conserverà il suo ruolo significativo.