Exploration de la genèse du virus Covid-19
Malgré de nombreuses investigations, l'origine du Covid-19 reste un mystère. Une étude récente suggère que le virus a émergé du marché aux fruits de mer animé de Huanan à Wuhan, en Chine. Bien que cette étude soit considérée comme importante par des experts comme Christian Drosten, elle ne suffit pas à confirmer définitivement le rôle du marché dans le déclenchement de la pandémie.
Plus de quatre ans se sont écoulés depuis l'éclosion de la pandémie, mais son origine reste insaisissable. Initialement, des théories ont circulé sur un accident de laboratoire à Wuhan, avec le virus se propageant de la ville au marché où les premiers cas d'infection ont été signalés.
Cependant, la plupart des preuves soutiennent une origine zoönotique, c'est-à-dire le saut du virus des animaux sauvages aux humains. C'est la conclusion à laquelle sont parvenus des chercheurs américains dans une étude publiée aujourd'hui dans la prestigieuse revue "Cell". Ils ont analysé plus de 800 échantillons prélevés sur le marché aux fruits de mer de Huanan et ses environs après sa fermeture en raison de l'épidémie de Covid-19 le 1er janvier 2020. Ils ont également analysé les séquences génétiques du SARS-CoV-2 des premières personnes infectées.
Remplir les lacunes de connaissances
Une évaluation précédente des Centers for Disease Control and Prevention de Chine de ces échantillons a été publiée. Cependant, l'espèce animale spécifique qui pourrait potentiellement servir d'hôte intermédiaire du SARS-CoV-2 est restée floue. Cette étude vise à combler cette lacune de connaissances. La recherche, initialement publiée en préimpression, a maintenant été publiée dans sa forme finale après révision par des pairs.
Les chercheurs ont effectué un séquençage métatranscriptomique sur les échantillons, en analysant toutes les séquences d'ADN et d'ARN pour identifier les différents organismes présents, tels que les virus, les bactéries, les plantes, les animaux et les humains.
Ancêtre commun et faune répandue
L'étude a révélé que le virus trouvé sur le marché partage le même ancêtre commun que le SARS-CoV-2 à l'origine de la pandémie. Cette corrélation s'aligne sur la présence initiale du virus sur le marché de Huanan.
Les données ont également montré une augmentation de la positivité au SARS-CoV-2 à proximité et à l'intérieur d'une installation de cages pour animaux sauvages voisine. De l'ADN de divers animaux sauvages, y compris les civettes, les rats à queue blanche et les chiens viverrins, qui avaient été identifiés comme potentiels hôtes intermédiaires, a été détecté dans tous les échantillons.
Le virologue Christian Drosten soutient cette découverte. "Les données fournissent des preuves supplémentaires de l'origine animale du virus et de sa liaison avec le marché de Huanan", déclare-t-il. "C'est une preuve solide. Le virus détecté dans certains échantillons suspects est très similaire à la diversité de l'origine reconstructible du virus. De plus, les deux lignées fondatrices de la pandémie ont été détectées sur le marché, ce qui se explique le mieux par plusieurs transitions du animal à l'homme. Seule la prise en compte conjointe des résultats d'autres études permet de clarifier ce tableau."
La doctorante Isabella Eckerle, virologiste de Genève, est du même avis. "Tous les aspects de l'étude investigués fournissent des arguments convaincants que le marché a été le lieu du saut du SARS-CoV-2 d'un hôte animal aux humains, et que les séquences les plus anciennes de la pandémie étaient présentes sur le marché", déclare-t-elle.
Possibilité de transmission de personne à personne
Comme Drosten, Eckerle ne peut pas écarter la possibilité que des personnes infectées aient introduit le virus sur le marché. Cependant, l'ARN viral a été détecté le plus fréquemment et de manière convaincante autour du commerce des animaux sauvages. "Given that people moved all over the market while animals were only sold in one corner, this accumulation seems unlikely for a purely human introduction, such as by a visitor", explique-t-elle.
Cependant, Richard Neher de l'Université de Bâle souligne que la concentration d'échantillons positifs sur un stand du marché vendant des animaux peut être expliquée à la fois par des humains et des animaux infectés. Il y avait probablement plus d'une centaine d'individus infectés sur le marché qui sécrétaient considérablement plus de virus que les animaux potentiellement infectés. "L'ARN est également instable, donc la distribution de l'ARN viral dans les échantillons de début janvier ne fournit peu d'indications sur les transmissions possibles d'animaux à humains qui ont pu se produire en novembre 2019", ajoute-t-il.
Manque d'échantillons de virus directs
Les autres experts consultés par le Science Media Center considèrent les résultats de l'étude insuffisants pour clarifier l'origine zoönotique de la pandémie. Pour clarifier définitivement cela, des échantillons de virus directs des animaux sauvages et des humains prélevés avant et pendant les premiers événements d'infection sont nécessaires, explique le virologue Friedemann Weber de Giessen.
"Si de tels échantillons ont été prélevés et conservés dans le passé, cela pourrait être encore possible", déclare Christian Drosten. "En particulier, les chiens viverrins sont suspects. L'étude fournit maintenant des indices géographiques approximatifs sur l'endroit où ces animaux pourraient avoir été gardés à l'époque. Une telle investigation complémentaire serait seulement possible en Chine, et seulement si des échantillons animaux ont été prélevés et conservés."
Peut-être trop tard
Une preuve définitive, selon Isabella Eckerle, serait "la détection d'un génome SARS-CoV-2 d'origine, c'est-à-dire la séquence virale qui sous-tend tous les virus subséquents de la pandémie et représente la pièce manquante du puzzle entre les virus précurseurs des chauves-souris et les virus de la pandémie". Surtout si un tel virus est trouvé dans un échantillon clairement identifiable, comme un écouvillonnage d'un animal.
Eckerle n'est pas convaincue que la pièce manquante du puzzle du Covid-19 sera trouvée. Avec le temps qui passe, il est plausible qu'un nombre limité d'animaux ait servi d'hôtes intermédiaires. Si cette petite population d'hôtes a été éliminée ou éradiquée pendant la fermeture du marché en début d'année 2020, alors cette pièce manquante pourrait ne plus exister.
Selon la plupart des experts, un accident de laboratoire comme point de départ de la pandémie de Covid-19 n'est pas une hypothèse à écarter, mais elle est considérée comme moins probable. Selon Drosten, malgré les investigations en cours, il n'y a toujours pas de preuve scientifique robuste pour étayer la théorie de l'origine du laboratoire. Cependant, il reconnaît que de plus en plus de preuves s'accumulent en faveur de la théorie du marché.
Eckerle partage cette perspective. En plus des données initiales et des résultats de l'étude récente, la similarité avec la première épidémie de SRAS en 2002/2003 est frappante. Pour elle, il semble très probable que "une fois de plus dans un contexte identique, un autre virus SARS ait réussi à franchir la barrière des espèces".
Les catégories principales discutées dans l'analyse sont les suivantes : le lien potentiel entre le marché aux fruits de mer de Huanan et le début de la pandémie, le rôle des animaux sauvages comme hôtes intermédiaires potentiels et l'enquête sur un accident de laboratoire comme origine possible.
Cette étude fournit des preuves solides qui étayent une origine animale du virus et son lien avec le marché de Huanan, selon le virologiste Christian Drosten.
